党政职能部门

• 党委办公室、校长办公室

• 校友会办公室

• 纪委、监察专员办公室

• 党委组织部（人才办）
  党校、机关党委

• 党委宣传部（意识形态工作领导小组办公室）

• 党委统战部

• 党委学生工作部（学生处）、学生就业指导服务中心

• 团委

• 工会

• 党委教师工作部、人事处（名医管理办公室）

• 教务处

• 研究生院（学位办公室）

• 学科建设办公室

• 科技处（学术委员会办公室）
  科技成果转移转化中心

• 发展规划处、综合改革办公室、对外合作发展办公室

• 国际合作交流处、港澳台事务办公室

• 党委网络安全和信息化委员会办公室、信息化建设管理处

• 计划财务处

• 医院管理处

• 审计处

• 后勤保障处

• 党委保卫部、保卫处

• 国有资产管理处
  采购招标管理办公室

• 基建处

• 离退休工作处

直属单位

• 教师发展中心

• 高教研究中心、教学质量监控与评价中心

• 图书馆

• 杂志社

• 制药厂

• 陕西中医药博物馆

教学科研单位

• 马克思主义学院

• 体育部

• 基础医学院

• 中医学院

• 中西医结合学院

• 临床医学院

• 药学院

• 针灸推拿学院

• 医学技术学院

• 护理学院

• 公共卫生学院

• 人文管理学院

• 外语学院

• 国际教育学院

• 继续教育学院

• 陕西中药资源产业化省部
  共建协同创新中心

• 医学科研实验中心

• 张学文国医大师工作站

• 郭诚杰国医大师工作站

附属医院

• 陕西中医药大学
  附属医院

• 陕西中医药大学
  第二附属医院